El 13 de Septiembre del 2000, un enorme meteorito chocó contra la Antártida, causando el derretimiento del polo sur y la consecuente inundación y destrucción de todas las ciudades costeras. A este evento crucial se lo denomino Segundo Impacto. El primero fue el que destruyó a los dinosaurios. La Tierra atravesó luego de ello un estado de crisis y catástrofes naturales y más de mitad de la población humana murió. La estructura de poder y gobierno se vieron alteradas. Han pasado 15 años  desde el Segundo Impacto (2015) cuando Tokyo 3, es atacada por un misterioso ser orgánico gigante. Esto no parece ser una sorpresa para un selecto grupo de gente de una organización de la ONU llamada NERV. Ellos se refieren al enemigo como "Ángel" (mensajero) y han desarrollado unos enigmáticos robots gigantes llamados EVA para combatirlos. Pero estos "robots" tienen una particularidad, solo pueden ser piloteados por jóvenes de 14 años (es decir, que nacieron el mismo año que el segundo impacto)que reúnen una serie de característica no del todo claras. Asuka Langley Souryuu, Shinji Ikari y Rei Ayanami son los pilotos de las unidades Evas 02, 01 y 00 respectivamente. Con el correr de los episodios se empieza a vislumbrar que lo que sucedió en la Antártida no fue lo que le hicieron creer a la población y que los planes de Nerv van mucho más lejos que la simple defensa de la raza humana, más bien parece estar tratando de recrearla, de llevarla a otro paso en la evolución como si de Dios se tratara. 

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